HLA-B27阴性者占强直性脊柱炎的10%，与HLA-B27阳性的强直性脊柱炎有共同的临床特点，但也存在不少差异：HLA-B27阴性的强直性脊柱炎以女性多见；发病年龄相对较阳性晚，临床上较少出现全身症状及外周关节改变；急性虹膜炎不如HLA-B27阳性者多见，家族聚集性较阳性者少；中轴关节受累较轻；因疾病本身出现髋关节严重改变、血沉、CRP等改变也少于HLA-B27阳性的强直性脊柱炎患者，血清IgG、GgA、IgM及r球蛋白均较阳性者低，而伴有牛皮癣的患者、溃疡性结肠炎和Crohn病的比例较阳性者高。总之，多数HLA-B27阴性患者比HLA-B27阳性患者病情轻，预后好。